武蔵側の資料、といっても「二天記」とその元になった「武公記」しかないが、それによると巌流島の決闘はかなり様子が違ってくる。以下「二天記」に従って巌流島の決闘を再現してみよう。
　回船問屋の主人太郎左衛門は、日が高くなるのに一向に起きる気配がない武蔵に、先程からやきもきしていた。ついに堪らず
「宮本様、そろそろ辰の刻になりますが」
　と声を掛けているところに、小倉より武蔵の渡船を促す飛脚が届いた。
「程なく参り申す」
　武蔵は使いの者に答えはしたが、相変わらず急ぐ気配はない。腹ごしらえを済ませると、太郎左衛門に頼んで櫓を一本もらい木刀に削り始めた。そうこうしている内にまた飛脚が来て矢のような催促をする。ようやく腰を上げた武蔵が、小船に乗り込んで船島に着いた時はすでに巳の刻を回っていた。船中に刀を置き、短刀のみ腰に差した武蔵は、袴の裾を高くからげ、木刀を手にしたまま素足で船から飛び降りた。そのまま浅瀬を進みながら、手拭いで鉢巻きをする。
　対する小次郎は目も醒めるような赤い袖なし羽織に染め革の裁っ付け袴を着、足には草鞋という出で立ちで、備前長光の長刀を帯びている。いい加減待ち疲れていた小次郎は、武蔵が近付いてくる姿を認めると波打ち際まで駆け寄り
「なぜ遅れた。さてはその方臆したか」
　と、怒りもあらわに大声で叫ぶ。
　武蔵は聞こえない振りをして答えない。
　苛立った小次郎ははや鞘を払い、物干し竿を構えて武蔵が近付くのを待っている。
　それを見た武蔵はニヤリと笑い
「小次郎敗れたり」
　と叫んだ。
「おのれ、馬鹿なことを申すな」
「では聞くが、勝つつもりならなぜ鞘を捨てる」
　明らかに詭弁である。だが、すでに一刻半も待たされ苛立っていた小次郎には効き目があった。
　真っ二つに切れよとばかりに、小次郎は自慢の長光を武蔵の頭上目掛けて振り降ろした。鉢巻き代わりに締めた手拭いが武蔵の額から落ちたのと、小次郎の頭蓋に武蔵の木刀が振り降ろされたのはほとんど同時だった。小次郎はその場に崩れた。怒りで冷静さを失った分だけ小次郎は間合いを見誤っていた。
　武蔵は木刀を下げたまま、倒れた小次郎をしばらく見ていた。さらに木刀を振り上げ一撃を加えようとした時、倒れたまま小次郎が刀を横に払った。武蔵の袴が膝の所から三寸ばかり切り裂かれた。
　武蔵は木刀を振り降ろし、小次郎の脇腹の辺りを打った。肋骨が砕ける音がした。鼻と口から流れ出た鮮血が小次郎の衣服を染めていく。
　武蔵はしばらくその様子を見ていたが、やがて小次郎の鼻口に手をかざし、さらに顔を寄せて息がないのを確かめると、検使役の方を向いて一礼し、そのまま船に飛び乗った。
「急げ！」
　武蔵は自らも竿を差し、逃げるように船島を去った。
　以上、武蔵側の立場、小次郎側の立場、第三者の立場で書かれたものというように三つの角度から巌流島の決闘を見てきた。その結果浮かび上がってきたのは小次郎が撲殺され、勝った武蔵は試合後逃げるように船島を後にしたということだけである。
　映画、小説の類はここで終わりである。だが後日談がある。
　下関に帰った武蔵は今回の小次郎との試合を感謝する書状を長岡佐渡に送り、その後再び小倉に行き、今度は細川藩家臣の某と勝負をしたい、と長岡佐渡に頼んでいる。一度は諦めかけた仕官の望みをまだ捨て切れないのか、それとも小次郎との試合にどこか納得できないものがあったのか。恐らく両方だろう。あのような勝ち方では家臣に取り立てられるのは難しい。自らそう判断したからこそ、今度は家中で名のある武士と勝負をし、それに勝てば仕官も許されるのでは、と考えたに違いない。
　細川藩は重役会議を開き武蔵の申し出を協議するが、結局却下する。やむなく武蔵は下関に帰り、以後二十二年間関門海峡を超え九州の土を踏むことはなかった。
　さて、武蔵が江戸で感じた新しい動きに逆らうように西国に向かい、剣法での立身に一縷の望みをかけていた頃、江戸、大阪では時代が急激に動いていた。
　巌流島の決闘より逆上ること三年。慶長十四年九月、徳川幕府は西国諸大名に五百石以上の大船の所有を禁じ、淡路島に回航して全船を破壊させている。大阪方の海上補給線を断つのと、西国諸大名が海外貿易であげる莫大な収益を阻止するのが狙いである。
　さらに翌年、家康は名古屋城の築城にとりかかり、加藤清正、前田利長、池田輝政ら豊臣恩顧の西国諸大名に御手伝普請を命じている。徳川幕府に対する忠誠と、西国諸大名の財政圧迫が目的である。慶長十六年四月、近畿・西国諸大名に幕府が出した法令三カ条に対して誓詞を提出するよう命じ、翌年には東国諸大名にも同じく誓詞を提出させるなど着々と徳川支配体制を築いていく一方で、大阪方に対する進攻の機を窺っている。慶長十九年十一月、大阪冬の陣の火蓋が切って落とされた。